计算机工程与科学学院始建于1988年，由上海工业大学计算机工程系和上海科学技术大学计算机科学系联合成立，是在钱伟长老校长亲切关怀下诞生的上海市高校中第一所计算机学院，承载着推动上海乃至全国计算机学科发展的重要使命，中国工程院院士、清华大学教授李三立出任首任院长。1994年，原上海大学计算机应用系和原上海高等科学技术专科学校计算机应用系加入计算机学院，联合成立的计算机学院正式命名为上海大学计算机工程与科学学院，办学规模进一步扩大，学科布局更趋完善。

此后，学院历经校区布局调整与学科迭代升级，1999年集中至延长校区办学，2013年整体迁入宝山校区，办学空间与条件持续优化。学科先后入选上海市重点学科、“211工程”重点建设学科；2015年以来，计算机学科入选上海市高水平大学一流学科与上海市高峰学科建设计划，学科实力稳步提升。2017年获批计算机科学与技术一级学科博士点，构建起本硕博完整的人才培养体系；2022年，计算机科学与技术专业入选国家级一流本科专业；2023年，计算机科学与技术博士后科研流动站获批设立。ESI学科排名目前位居全球1.196‰，软科世界一流学科排名稳居全球前150位。